ทรัพยากรจุลินทรีย์เป็นจุดแข็งที่สำคัญของการพัฒนาอุตสาหกรรมชีวภาพ ในการผลิตสารผลิตภัณฑ์ฐานชีวภาพต่าง ๆ เช่น เอนไซม์ สารชีวเคมีภัณฑ์ ไบโอพอลิเมอร์ สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ และชีวภัณฑ์ทางการเกษตร ดังนั้นเครื่องมือและวิธีการที่ใช้ในการค้นหาและใช้ประโยชน์จากจุลินทรีย์ที่รวดเร็วและมีประสิทธิภาพ สามารถวิเคราะห์ทดสอบตัวอย่างได้ครั้งละมากๆ จึงเป็นเรื่องที่ท้าทาย ปัจจุบันนอกจากการค้นหาการใช้ประโยชน์จากจุลินทรีย์สายพันธุ์ธรรมชาติแล้ว การสร้างจุลินทรีย์ลูกผสมโดยใช้เทคโนโลยีด้านชีววิทยาสังเคราะห์ถือเทคโนโลยีสำคัญที่ช่วยเพิ่มศักยภาพของจุลินทรีย์ในการผลิตผลิตภัณฑ์ที่ต้องการ ซึ่งในขั้นตอนการดำเนินงานนั้นจะมีการสร้างจุลินทรีย์ลูกผสมจำนวนมาก ดังนั้นวิธีการคัดเลือกจุลินทรีย์ลูกผสมที่รวดเร็วและมีประสิทธิภาพจึงเป็นสิ่งจำเป็นอย่างยิ่ง
ศูนย์ชีววัสดุประเทศไทย (TBRC) ร่วมกับกลุ่มวิจัยเทคโนโลยีไบโอรีไฟเนอรีและชีวภัณฑ์ (IBBG) จึงได้พัฒนาระบบคัดกรองจุลินทรีย์และผลิตภัณฑ์จุลินทรีย์แบบประสิทธิภาพสูง (High-Throughput Screening - HTS) ซึ่งสามารถใช้งานแบบกึ่งอัตโนมัติและอัตโนมัติได้ สามารถทำงานในระดับไมโครสเกล ได้อย่างแม่นยำ รวดเร็ว และต่อเนื่อง ระบบ HTS นี้ประกอบด้วยเครื่งองมือต่าง ๆ ที่ทำงานต่อเนื่องกันตามระบบที่ได้ออกแบบไว้ เช่น 1) เครื่อง Colony picker ที่สามารถคัดแยกจุลินทรีย์บนอาหารเลี้ยงเชื้อแบบแข็งมาเพาะเลี้ยงในอาหารเหลวในไมโครเพลท 2) เครื่อง Incubator shaker ที่สามารถควบคุมอุณหภูมิและความชื้นที่สามารถใช้เพาะเลื้ยงเชื้อจุลินทรีย์ในระดับไมโครเพลทได้ รวมถึงสามารถใช้บ่มปฏิกิริยาทางเคมีต่าง ๆ ที่ทำในไมโครเพลท 3) เครื่อง Shaking block heater สำหรับควบคุมอุณหภูมิและใช้บ่มปฏิกิริยาทางเคมีต่าง ๆ ที่ทำในไมโครเพลท 4) เครื่อง Liquid handling หรือเครื่องดูดจ่ายสารแบบอัตโนมัติ ที่สามารถดูดจ่ายสารในไมโครเพลทได้พร้อมกัน ทำให้การทำงานเป็นไปอย่างรวดเร็วและแม่นยำ สามารถกำหนดให้ดูดจ่ายสารแบบแยกแต่ละปฏิกิริยา สามารถปรับปริมาณหรือจำนวนครั้งในการดูดจ่ายได้ 5) เครื่อง Microplate reader หรือเครื่องอ่านปฏิกิริยาบนไมโครเพลท ที่สามารถใช้วัดปฏิกิริยาทางเคมีที่เกิดขึ้นในการทดสอบผลิตภัณฑ์จุลินทรีย์ ทั้งในรูปแบบของการดูดกลืนแสง (Absorbance) หรือการเปล่งของแสง (Fluorescence) ในช่วงคลื่นแสงที่ตามองเห็น (Visible light) และมองไม่เห็น (UV-light) โดยระบบทั้งหมดนี้ควบคุมด้วยคอมพิวเตอร์กลาง สามารถสั่งการทำงานพร้อมกัน หรือสั่งการทำงานแยกแต่ละเครื่องก็ได้
ปัจจุบันระบบ HTS รองรับการทดสอบโดยแบ่งตามสารตั้งต้นที่ใช้ทดสอบ ได้แก่ 3,5-dinitrosalicylic acid (DNS) assay, Para-nitrophenyl based assay และ ABTS assay สำหรับประยุกต์ใช้ทดสอบผลิตภัณฑ์ต่าง ๆ จากจุลินทรีย์ ได้แก่เอนไซม์ย่อยโพลีแซคคาไรด์กลุ่มไฮโดรเลส เช่น อะไมเลส ไซแลนเนส เซลลูเลส กลูโคซิเดส เพคติเนส และ แมนนาเนส เอนไซม์ย่อยไขมัน เช่น ไลเปส และเอสเทอเรส เอนไซม์กลุ่มแลคเคสและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพสำหรับการชะลอวัย เช่น สารต้านอนุมูลอิสระ และสารต้านเอนไซม์ไทโรซิเนส นอกจากนี้ยังมีระบบที่ออกแบบไว้สำหรับใช้คัดแยกและคัดเลือกจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดการกลายพันธุ์หรือจุลินทรีย์ ลูกผสมที่เกิดจากเทคนิคทางด้านพันธุวิศวกรรม สำหรับการประยุกต์ใช้งานด้านวิศวกรรมจุลินทรีย์และชีววิทยาสังเคราะห์